Thư mục gốc (phân vùng gốc của đĩa, gốc của phân vùng logic của đĩa, thư mục gốc) thường được gọi là thư mục tuần tự các đặc điểm logic của tất cả các tệp và thư mục được lưu trữ trong nhóm đã chọn.
Việc tạo thư mục gốc được thực hiện tự động trong quá trình định dạng phân vùng ổ đĩa. Vị trí vật lý của phân vùng gốc xảy ra sau bản sao lưu FAT. Bất kỳ đối tượng nào thuộc gốc của phân vùng logic được đặc trưng bởi một số chuỗi 32 hoặc 64 byte, bao gồm: - đường dẫn đến "đầu" của đối tượng tệp đã chọn (địa chỉ của cụm đầu tiên); - tên đối tượng; - đối tượng các thuộc tính (hệ thống, ẩn, kho lưu trữ); - ngày tạo đối tượng; - thời gian tạo đối tượng; - kích thước đối tượng, v.v. Cấu trúc đĩa được hiển thị bởi Windows Explorer hầu như được lấy hoàn toàn từ thư mục gốc. Các đối tượng sau của phân vùng gốc là của người dùng quan tâm nhất: - boot.ini - tệp khởi động hệ thống. Được ẩn. Cần phải cài đặt hệ điều hành và không thể thay đổi trừ khi thực sự cần thiết; - pagefile.sys - nếu không thể lưu một số phần của chương trình và tệp thông tin trong RAM của máy tính, tệp ẩn này nhằm chứa dữ liệu cần thiết; - hiberfil.sys - cho phép bạn sử dụng chế độ ngủ đông của chức năng, lưu tất cả dữ liệu bộ nhớ máy tính trên đĩa cứng khi tắt máy và khôi phục thông tin đã lưu khi tiếp tục công việc; - Recycler - một thư mục ẩn được thiết kế để lưu dữ liệu đã xóa; - System Volume Information - một thư mục ẩn được sử dụng để lưu bộ đệm hệ thống và các bản sao của sổ đăng ký hệ thống. Thông tin trong thư mục này là bắt buộc để thực hiện quy trình khôi phục hệ thống. Thông tin từ các điểm khôi phục được chứa trong các thư mục con _restore {GUID} của RPxSnapshot; - Tài liệu và Cài đặt - thư mục được sử dụng để lưu dữ liệu hồ sơ người dùng.
